Une fois le diplôme Genin en poche, les élèves se voient répartis par groupe de 3 avec à leur tête un Jounin expérimenté pour les guider...
C'est le début des missions un peu plus périlleuses et l'occasion de mettre en avant leur talent et l'expérience acquise en cours.
Sensei : Shodaime (Hashirama Senju) Nidaime (Tobirama Senju)
Elèves : Homura, Koharu et Sarutobi
Village : Konoha
Description : Cette équipe une des plus ancienne.
Les élèves deviendront plus tard de valeureux ninjas et trouveront leur place au plus haut somment de Konoha avec à leur tête Sarutobi en tant que Sandaime Hokage et Homura et Koharu en tant que conseillers.
Sensei : Sandaime Hokage (Hiruzen Sarutobi)
Elèves : Jiraiya, Orochimaru, Tsunade
Village : Konoha
Description : Cette équipe voit naitre les 3 sannins légendaires de Konoha. Un trio particulièrement efficace avant la désertion et la trahison d'Orochimaru.
On retrouve dans cette équipe, les même sentiments (rivalité Oro-Jiji et Jiji-Tsunade) que celle de l'équipe 7.
Sensei : Jiraya
Elèves : Minato Namikaze (Yondaime Hokage) et 2 inconnus
Village : Konoha
Description : Contrairement à Orochimaru et Tsunade, Jiraya eut trois élèves, dont Minato, le futur Yondaime Hokage, considéré comme le plus puissant des Hokage.
Sensei : Jiraya
Elèves : Yahiko, Konan et Nagato
Village : Ame
Description : Lors de la grande guerre ninja, Jiraya recueillit 3 orphelins de guerre et leur apprit l'art du Ninjutsu pour qu'ils puissent se défendre.
Parmi eux, Nagato (le futur Pein) qu'il pensait être l'enfant de la prophétie.
Sensei : Minato Namikaze (Yondaime Hokage)
Elèves : Kakashi Hatake, Obito Uchiha, Rin
Village : Konoha
Description : Cette équipe nous est révélée lors de l'Arc Kakashi Gaiden, ou l'on découvre un Kakashi obnubilé par le respect des règles et le code ninja. Souvent en conflit avec son partenaire Obito, plus fantaisiste.
L'équipe 7
Sensei : Kakashi Hatake
Elèves : Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha, Sakura Haruno
Village : Konoha
Description : L'équipe principale de l'histoire, celle de Naruto, Sasuke et Sakura...
Les premiers débuts de l'équipe sont plutôt laborieux, Naruto voulant surpasser Sasuke, Sasuke se la jouant trop perso et Sakura ne voulant protéger que Sasuke.
Plus tard, la rivalité fera place à l'amitié
L'équipe 8
Sensei : Kurenai Yuhi
Elèves : Kiba Inuzuka, Shino Aburame, Hinata Hyuga
Village : Konoha
Description : Une équipe neutre et soudée. Kiba s'étant auto proclamé leader de l'équipe.
Ils travaillent ensemble dans un même objectif, s'aidant mutuellement. Hinata est d'ailleurs un peut trop protégée par Kiba.
L'équipe 10
Sensei : Asuma Sarutobi
Elèves : Shikamaru Nara, Choji Akimichi, Ino Yamanaka
Village : Konoha
Description : Cette équipe reproduit le même schéma que leurs pères respectifs... Le célèbre "InoShikaCho".
Ils s'entendent très bien et sont soudés.
A la mort de leur Sensei, ils partiront le venger avec la complicité de Kakashi en tant que Sensei.
Sensei : Maito Gaï
Elèves : Rock Lee, Neji Hyuga, Tenten
Village : Konoha
Description : Cette équipe a un an de plus que les 3 autres équipes principales. Lee et Gaï ne pouvant se servir que du Taijutsu, ont une relation particulière, un peu comme un père et son fils.
Neji étant le plus talentueux Hyuga et Tenten spécialisée dans les projections d'armes en tout genre.
Sensei : Baki
Elèves : Gaara, Kankuro, Temari
Village : Suna
Description : Gaara, Kankuro et Temari sont frères et sœurs, ils se soutiennent et se protègent mutuellement, du moins pour Kankuro et Temari, Gaara ayant de graves troubles psychologiques lors de la first gen, il ne se préoccupe que de lui-même.
Ils étaient chargés d'attaquer Konoha lors de la dernière phase de l'examen des Chunnins.
Capitaine : Yamato
Elèves : Naruto Uzumaki, Saï, Sakura Haruno
Village : Suna
Description : Equipe qui se formera lors des Shippuden, Kakashi n'étant plus en mesure de porter l'équipe, Yamato sera chargé d'en être leur capitaine.
Saï apparaitra alors en remplaçant de Sasuke.
Capitaine : Samui
Equipe composée de : Samui, Omoi, Karui
Village : Kumo
Description : Equipe formée de Samui, Omoi et Karui, des ninjas de Kumo, chargé de remettre une lettre à l'Hokage et de trouvé des informations sur Sasuke Uchiha.
Alors que Samui est calme et réfléchie, Omoi est un éternel pessimiste qui passe sont temps à rigoler de sa partenaire Karui, celle-ci n'hésites d'ailleurs pas à le frapper sans retenu.
Capitaine : Kimimaro
Equipe composée de : Kimimaro, Tayuya, Sakon/Ukon, Kidoumaru et Jiroubou
Village : Oto
Description : Equipe puissante à la botte d'Orochimaru.
Les 4 ninjas du son + 1.
Ils ont pour mission de ramener Uchiha Sasuke... Ils seront poursuivis et éliminé un par un par l'équipe composée de Shikamaru, Naruto, Kiba, Choji et Neji ainsi que les ninjas de Suna venu leur prêter mains fortes.
Sensei : Orochimaru
Elèves : Zaku, Dosu, Kin
Village : Oto
Description : Premières équipes d'Oto avec Orochimaru à leur tête. Ils sont en mission lors de l'examen des Chunnis, chargé de tester Sasuke Uchiha.
Ils sembles habitués à agir ensemble et à s'entre-aider, bien qu'ils n'hésitent à sacrifier l'un d'eux pour le bien de la mission.
Zaku et Kin seront sacrifiés par Orochimaru lors de l'Edo Tensei. Dosu sera tué par Gaara.